En el área agroalimentaria se investiga el uso de fertilizantes orgánicos, aislamiento y estudio de microorganismos benéficos para los cultivos agrícolas; identificación de genes y marcadores moleculares para la innovación de variedades agrícolas. Además del control biológico y estudio molecular de fitopatógenos; formulación y evaluación de bioplaguicidas y bioinsecticidas. Identificación y caracterización molecular de virus de plantas. Estudio de relaciones microorganismo-planta, aprovechamiento de sistemas microbianos para el manejo sustentable y mejora de cultivos agrícolas y forestales. Resistencia a enfermedades y factores climáticos, incremento de la calidad de cultivos de interés económico y métodos de micropropagación de especies de interés económico y ecológico. En el área alimentaria se realiza la caracterización química, nutricional, molecular y biofuncional de compuestos bioactivos presentes en productos naturales, además de la innovación y desarrollo tecnológico de alimentos e ingredientes funcionales como son los probióticos y nutracéuticos, además de fuentes alternas de proteínas. En el área acuícola y pecuaria se trabaja con el desarrollo de procesos biotecnológicos que permitan el aprovechamiento sustentable de los recursos acuícolas, principalmente enfocados a camarón y peces, incluyendo el desarrollo de alimentos y aditivos a bajo costo. Así como el estudio de la patología, diagnóstico y control de enfermedades en acuacultura, incluyendo técnicas moleculares para la detección de patógenos en organismos acuáticos.

En esta línea se desarrollan proyectos de investigación enfocados al desarrollo de nuevos métodos de tratamiento y diagnóstico de enfermedades que afectan la salud de la población, como cáncer, síndrome metabólico, obesidad, diabetes, hipertensión, preeclampsia y enfermedades infecciosas entre otras. También se trabaja en el aislamiento e identificación estructural de metabolitos con potencial aplicación farmacológica y evaluación de alimentos funcionales aplicables al tratamiento de enfermedades crónico degenerativa (antioxidantes, anticancerígenos, hipocolesterolémicos, hipolipidemicos), y en la modificación de proteínas con fines terapéuticos y tecnológicos. Asimismo, esta línea está enfocada a la identificación de marcadores aplicables al diagnóstico de enfermedades.

En esta línea de generación del conocimiento se realizan proyectos encaminados a la biorremediación y biodegradación de compuestos xenobióticos en suelos contaminados y efluentes industriales; asimismo hay un importante desarrollo en sistemas de tratamiento de aguas residuales, municipales, industriales y agroindustriales y su reuso. Otro enfoque es aprovechar residuos y subproductos mediante estudios de bioprospección y gestión sostenible de los recursos naturales para obtener productos de interés, como biofertilizantes y energías alternativas; bajo un enfoque sostenible y para la preservación del medio ambiente mediante tecnologías verdes que ayuden a reducir los efectos del cambio climático.

En el área de bioinformática se tienen desarrollos de biosensores ópticos y electroquímicos, en los que se realiza análisis de compuestos orgánicos e inorgánicos, por técnicas espectroscópicas y microscópicas. Biosensores ópticos para la determinación de analitos de interés en las áreas de la biotecnología médica, agroalimentaria y medioambiental. Así como el diseño y aplicación de métodos analíticos específicos para la caracterización química de biomoléculas de interés médico, toxicológico, ecológico o industrial. Además, se realizan estudios computacionales para diseñar nuevos compuestos con potencial actividad biológica en diferentes áreas de la biotecnología.